Son funciones de la Secretaría:
- Formular participativamente la política ambiental del Departamento.
- Diseñar las estrategias de coordinación para el desarrollo de las actuaciones del Departamento en cada uno de sus sectores con el objetivo de adaptar, mitigar y reducir los fenómenos generados por el cambio climático.
- Liderar la consolidación del Observatorio Ambiental de Boyacá y mantener actualizada toda su información a través de la sectorial y demás entes de competencia.
- Administrar, mantener y custodiar los predios de interés hídrico o terrenos con destinación ambiental de propiedad de la Administración Departamental de Boyacá, en coordinación y cooperación de las demás sectoriales de la administración departamental, en especial de la Secretaría General en materia documental y de titulación.
- Formular los planes, programas y proyectos de desarrollo medio ambiental del Departamento y asesorar en la definición de los planes de desarrollo ambiental, programas y proyectos en materia de protección del medio ambiente, los recursos naturales renovables, de manera que asegure la armonía y coherencia de las políticas y acciones adoptadas.
- Actuar en cooperación con las entidades y organismos sectoriales con presencia en el Departamento en cumplimiento de las funciones asignadas por el ordenamiento jurídico vigente a las autoridades competentes en la materia.
- Formular y orientar los planes y programas tendientes a la investigación, conservación, mejoramiento, promoción, valoración y uso sostenible de los recursos naturales y servicios ambientales del Departamento y sus territorios socio-ambientales reconocidos.
- Promover planes, programas y proyectos tendientes a la conservación, consolidación, enriquecimiento y mantenimiento de la estructura ecológica principal y del recurso hídrico superficial y subterráneo del Departamento.
- Ejecutar y supervisar, en coordinación con las entidades competentes, la implementación del plan decenal de educación ambiental para el Departamento; de conformidad con la normatividad y políticas nacionales vigentes.
- Contribuir con las autoridades ambientales en el control y vigilancia del cumplimiento de las normas de protección ambiental y manejo de recursos naturales.
- Elaborar estrategias de mejoramiento de la calidad de aire y la prevención y corrección de la contaminación auditiva, visual y electromagnética, así como establecer las redes de monitoreo respectivas, en coordinación de las competencias de vigilancia en salud pública a nivel departamental, en coordinación con las autoridades ambientales.
- Apoyar el seguimiento a los vertimientos y emisiones contaminantes, disposición de desechos sólidos; en coordinación de la acción de la Empresa Departamental de Servicios Públicos de Boyacá y/o entidad que la modifique, sustituya o complemente y de las empresas prestadoras de servicios públicos de agua en el Departamento, para desarrollar proyectos de saneamiento y descontaminación, en coordinación con la entidad de competencia administrativa de los servicios públicos.
- Ejecutar, administrar, operar y mantener en coordinación con las entidades territoriales, proyectos y programas de desarrollo sostenible, obras de infraestructura cuya realización sea necesaria para la defensa y protección, o para la descontaminación y/o recuperación del medio ambiente y los recursos naturales renovables en el Departamento.
- Promover y desarrollar programas educativos, recreativos e investigativos en materia ecológica, botánica, fauna, medio ambiente y conservación de los recursos naturales.
- Desarrollar y promover programas de reforestación y aislamiento en particular de especies nativas, coordinar con las entidades competentes y efectuar el registro e inventario en estas materias .
- Promover la recuperación, conservación, protección, manejo, uso y aprovechamiento de los recursos naturales renovables a fin de garantizar el derecho a gozar y heredar un ambiente sano.
- Diseñar, evaluar, promover y hacer el seguimiento a las políticas, planes, programas, estrategias, instrumentos, proyectos y regulaciones con respecto a la conservación, recuperación, manejo y uso sostenible de la biodiversidad y ecosistemas estratégicos del Departamento.
- Establecer las prioridades de sensibilización y capacitación en materia ambiental para fijar los mecanismos que permitan mantener la cultura de la producción limpia, en el marco de las buenas prácticas ambientales y de disposición final de los elementos contaminantes.
- Adelantar la revisión normativa y mantener actualizadas las directrices que el Departamento en cumplimiento de la política ambiental, deba adelantar en materia de seguimiento y optimización de las actividades industriales y procesos productivos que impacten la sostenibilidad ambiental del territorio.
- Realizar seguimiento a los planes, programas y proyectos de desarrollo medio ambiental del Departamento para su cumplimiento.
- Adelantar las acciones pertinentes para la formulación e implementación de una Política Publica de Protección y Bienestar Animal para el Departamento de Boyacá, siendo la principal promotora de estrategias para la protección, tenencia responsable y bienestar de los animales en el territorio Departamental.