- Dirigir el sector salud en el ámbito departamental en concordancia con la normatividad vigente.
- Promover planes, programas, estrategias y proyectos en salud para su inclusión en los planes y programas nacionales.
- Formular planes, programas y proyectos para el desarrollo del sector salud y del sistema general de seguridad social en salud en armonía con las disposiciones del orden nacional.
- Adoptar, difundir, ejecutar y evaluar en el ámbito departamental las normas, políticas, estrategias, planes, programas y proyectos del sector salud y del sistema general de seguridad social en salud formuladas porla Nación.
- Vigilar y controlar el cumplimiento de las políticas y normas técnicas, científicas y administrativas que expida el Ministerio de la Protección Social o quien haga sus veces, así como las actividades que desarrollan los municipios de su jurisdicción, con el fin de garantizar el logro de las metas del sector salud y del sistema general de seguridad social en salud, sin perjuicio de las funciones de inspección y vigilancia atribuidas a las demás autoridades competentes.
- Ejecutar las acciones inherentes a la atención en salud de las personas declaradas por vía judicial como inimputable por trastorno mental o inmadurez sicológica, con los recursos nacionales de destinación específica que para tal efecto transfiera la Nación.
- Prestar asistencia técnica y asesoria a los municipios e instituciones públicas que prestan servicios de salud en su jurisdicción.
- Supervisar y controlar los recursos propios, los cedidos por la Nación y los del Sistema General de Participaciones del sector salud para un buen recaudo y aplicación.
- Implementar y actualizar la operación del Sistema Integral de Información en Salud para reportar la información a las instancias correspondientes.
- Promover la participación social y la promoción del ejercicio pleno de los deberes y derechos de los ciudadanos en materia de seguridad social en salud.
- Gestionar la financiación de los tribunales seccionales de ética médica y odontológica y vigilar la correcta utilización de los recursos.
- Las demás que le asigne la Constitución Política, la ley, las ordenanzas, y las que surjan de la naturaleza de la dependencia.